Existem muitos tipos de microscópios e podem ser agrupados de diferentes maneiras. Uma delas é descrever o método que um instrumento usa para interagir com uma amostra e produzir imagens, seja enviando um feixe de luz ou elétrons através de uma amostra em sua trajetória óptica, detectando as emissões de fótons de uma amostra, ou escaneando através e a curta distância da superfície de uma amostra usando uma sonda. O microscópio mais comum (e o primeiro a ser inventado) é o microscópio óptico, que usa lentes para refratar a luz visível que passa através de uma amostra finamente secionada para produzir uma imagem.